روند روزافزون توسعه اقتصادی اجتماعی و آسیب های ناشی از آن، نشانگر آن است که جایگاه و ساختار فعلی سازمان حفاظت محیط زیست بدلیل پسرفت در انجام رسالت خود نمی تواند پاسخگوی عوارض و مسایل زیست محیطی حال حاضر و بحران های پیش رو باشد، بنابراین ضرورت دارد جایگاه آن ارتقا یافته و ساختار آن از نو معماری شود.

با عنایت به اینکه بنیان های علمی و حقوقی حفاظت از طبیعت و منابع آن و راهبردهای اجرایی مربوطه با سرعت و جدیت در حال توسعه است و سازمان های نوین با نگاه تخصصی و مدیریتی سعی در انطباق توسعه با موازین و مفاهیم زیست محیطی دارند، بشریت احساس خطر می کند و برای جبران مافات به تکاپو افتاده است. باید گفت برخی مناطق جهان در برابر این تهدید آسیب پذیر تر هستند و گویا ما از آن جمله هستیم.
نگاهی به وضعیت محیط زیست کشور و مدیریت منابع آب و خاک، پوشش گیاهی و  نوع زیستی در دریا و خشکی، در مرتع و جنگل، در کوهستان و کویر، در شهر و روستا و بطورکلی در همه جا، حاکی از بی توجهی های انباشته و تخریب جدی است. نمونه های بارز از فجایع زیست محیطی که در جهان، منطقه و کشور گریبان همه را گرفته و بسیار آشکار و بی نیاز از یادآوری است. گویی توسعه به ضد خود بدل شده و طبیعت با انسان قهر کرده است
در نگاه نزدیک، بهبود این اوضاع در کشور در گرو تحول جدی در رویکرد های مدیریتی و اجرایی، و در گام نخست تغییر اساسی در ساختار مدیریت محیط زیست کشور از چند منظر می باشد:
۱- تجربه چند دهه اخیر حاکی از عدم تناسب جایگاه و ساختار سازمان با وظایف خطیر آن برای نظارت تامه و اعمال قانون در حفظ محیط زیست است. ساختار فعلی در شرایط پیش از دولت سازندگی که روند توسعه چندان شتابی نداشت کم و بیش پاسخگو بود. اما با سرعت گرفتن روند توسعه، منابع و قدرت نفوذ محیط زیست نه تنها رشد نکرده بلکه روز به روز کاهش یافته و به یک سازمان حاشیه ای در مدیریت کلان تبدیل شده است. البته این قضاوت بر اساس واقعیت های موجود و وضعیت محیط زیست کشور است.
۲- گسترش موضوعات و مسایل زیست محیطی و بروز چالش های جدید و مهم در سطح کشور، منطقه و جهان ضرورت تحولی بنیادین در ساختار محیط زیست را دو چندان می کند.
۳- تجربه سال های گذشته نشان می دهد که دولت ها بیشترین نقش و تاثیر را در تخریب محیط زیست داشته اند. پروژه های بزرگ مانند سدها، تاسیسات تولید و فراوری و خطوط انتقال انرژی، جاده ها و نظیر آن در دست دولت بوده و صنایع و نفت و معادن را دولت مدیریت و غالبا بهره برداری می کند. جنگل ها و مراتع در اختیار دولت است و آسیب های وارده به محیط زیست عمدتا به دلیل همین بهره برداری ها، پروژه ها و مدیریت ها بوده است. در اغلب موارد، به ویژه در پروژه ها و طرح های بزرگ نگاه دولت به محیط زیست و منابع طبیعی نگاهی انتزاعی بوده و این مقوله حیاتی را در مواجهه با اقتصاد و صنعت لحاظ نکرده و یا آنرا اندک دیده است و همواره در این تقابل غیر ضروری، محیط زیست بازنده بوده است.
با توجه به موارد اشاره شده جایگاه و ساختار حفاظت محیط زیست در نظام حکومتی ما تجربه موفقی نبوده و به بازنگری جدی نیاز دارد.